בקרב הקבוצה מהליגה הלאומית כועסים שטרם נרשם שמם האמיתי על פי פסיקה של בית המשפט. מההתאחדות נמסר: "ההתאחדות פועלת בהתאם לתקנוניה. תקנון היסוד לא מאפשר שינוי שם באמצעות הוספת או גריעת שם מרכז"

לפני שש שנים החליטו אוהדי הפועל אשדוד להקים מחדש את המועדון כאשר הקבוצה החדשה נרשמה בהתאחדות לכדורגל בשם 'הפועל בני אשדוד'. כעבור זמן קצר מאוד התגלעו חילוקי דעות והאוהדים פרשו מהעמותה והקימו קבוצה חדשה שנרשמה בהתאחדות א.ס אשדוד (אגודת ספורט). 'כל' האוהדים של הפועל אשדוד המיתולגית הפכו לחלק ממנה בעוד הפועל בני אשדוד נשארה ללא קהל ועד עצם היום הזה משחקת בליגה ג'.

בשנתיים הראשונות הייתה שייכת הקבוצה למרכז עוצמה ונשלחה בקשה להצטרף למרכז הפועל. העניין אף הגיע לפתחו של בית המשפט המחוזי כאשר מרכז הפועל סירב בתחילה שיהיו לאשדוד שתי קבוצות הפועל. עד לאותה העת על מדי הקבוצה היה רשום הפועל אדומים אשדוד למרות שבהתאחדות לכדורגל רשומה הקבוצה כאגודת ספורט אשדוד.

לאחר תקופה סודר הנושא בהסכם פשרה בין העמותה למרכז הפועל בכך שעל החולצה יהיה רשום הפועל אדומים (ללא איזכור אשדוד) כי בני אשדוד מליגה ג' התנגדה "בכדי למנוע עטייה". בנוסף, בית המשפט המחוזי פסק כי ישנה אפשרות לשנות את השם גם בהתאחדות שמצידה סירבה ולטענת אנשי אשדוד מסיבה כי התקנון אינו מאפשר זאת. אם לא די בכך, אז בקבוצה אף מציינים כי גם העונה לאחר העלייה לליגה הלאומית גם מנהלת הליגות התנגדה לכך שהקבוצה תשחק עם סמל שמזכיר את סמל הפועל.

מהתאחדות לכדורגל נמסר בתגובה: "ההתאחדות פועלת בהתאם לתקנוניה (במקרה זה תקנון היסוד שנקבע על ידי כלל הקבוצות החברות). תקנון היסוד לא מאפשר שינוי שם באמצעות הוספת או גריעת שם מרכז (הפועל, מכבי, בית״ר וכו׳). כמו כן, קובע תקנון האליפות שהלוגו יהיה תואם לשם ולכן לא יכול להיות מצב שהשם הוא א.ס. אשדוד ועל הלוגו כתוב הפועל אשדוד".